在12×01《The Final Chapter: The Hope in the Horror》中,故事紧接上季结尾——Brennan被前任助理Zack Addy(Eric Millegan)绑架,Booth和实验室的其他成员想方设法寻找她。Zack远程控制了所有的监控录像,这给他们带来了大麻烦。或许Brennan仍然被Zack隐藏在杰斐逊学院内?无论如何,虽然他们最终救出了Brennan,但这只是更大危机的开始。在12×02《The Brain in the Bot》中,一个人工智能机器人的制造者被人杀害,调查组怀疑他死于自己的人工智能机器人……但这些机器人被编入了恶意程序。在12×03《The New Tricks in the Old Dogs》中,某酸性物质倾倒场中惊现一具老人尸体,Booth、Brennan和实习助手们在调查中卷入了复杂的养老院纠纷。
Ed Asner将在终结季里扮演Mike Mancuso,一个看起来很和蔼,事实上很狡猾、很虚伪、很奸诈的两面派,聪明过人。Hal Holbrook将扮演海军陆战队老兵Red Fletcher,沉默寡言但为人坚强……就像是40年后的Booth。June Squibb扮演一个养老院的住户,谁也招惹不起。